KBK Matematika Terapan meliputi kajian algoritma dan pemrograman, persamaan diferensial biasa dan parsial, metode numerik, program linier, serta pemodelan matematika. Pada jenjang doktor, KBK ini berperan penting dalam penelitian pemodelan fenomena kompleks, komputasi ilmiah, analisis kestabilan sistem dinamis, kontrol optimal, serta aplikasi matematika dalam sains, kesehatan, dan teknologi.